O STJD agiu de forma corretíssima. Não aplicar a Lei é que seria uma virada de mesa. Isso, sim, iria desmoralizar o campeonato.

A Lei existe para ser aplicada aos casos concretos. É o que se chama de "subsunção da norma jurídica", que se configura quando o caso concreto se enquadra à norma legal em abstrato. Prevaleceu o cumprimento da lei referendada por TODOS os participantes do campeonato brasileiro de futebol.

Na sua última partida, a Portuguesa incluiu em sua equipe atleta em situação irregular. Sobre essa situação, o Código Brasileiro de Justiça Desportiva assim determina:
Art. 214. Incluir na equipe, ou fazer constar da súmula ou documento equivalente, atleta em situação irregular para participar de partida, prova ou equivalente.
PENA: perda do número máximo de pontos atribuídos a uma vitória no regulamento da competição, independentemente do resultado da partida, prova ou equivalente, e multa de R$ 100,00 (cem reais) a R$ 100.000,00 (cem mil reais).
§ 1º Para os fins deste artigo, não serão computados os pontos eventualmente obtidos pelo infrator.
§ 2º O resultado da partida, prova ou equivalente será mantido, mas à entidade infratora não serão computados eventuais critérios de desempate que lhe beneficiem, constantes do regulamento da competição, como, entre outros, o registro da vitória ou de pontos marcados.
§ 3º A entidade de prática desportiva que ainda não tiver obtido pontos suficientes ficará com pontos negativos.
§ 4º Não sendo possível aplicar-se a regra prevista neste artigo em face da forma de disputa da competição, o infrator será excluído da competição.
A correta aplicação da norma jurídica supramencionada fez com que a Portuguesa perdesse 4 pontos (o ponto do empate da partida em que incluiu jogador irregular, acrescido de 3 pontos relativos à pena do art. 214). Isso fez com que a Portuguesa fosse incluída entre as 4 equipes rebaixadas. E fez também com que o Fluminense ficasse fora da lista de equipes rebaixadas.

Parabéns ao STJD! É isso que se espera de um Tribunal: o cumprimento da Lei.

"Dura Lex, sed Lex" (a Lei é dura, mas é a Lei).